羁绊三人组合是玩家构建队伍的核心策略之一。这些组合通常基于原作中的经典小队或特殊关系，激活后能为队伍提供额外的属性加成或技能效果。第七班（鸣人、佐助、小樱）是最具代表性的组合，三人在游戏中激活羁绊后可提升攻击力、生命值及连携技能效果。鸣人的影分身与佐助的写轮眼技能形成互补，小樱的治疗能力则为团队提供持久战力。三忍组合（自来也、大蛇丸、纲手）的羁绊效果侧重于团队生存与爆发，纲手的医疗技能与大蛇丸的禁术配合自来也的多样忍术，能应对复杂战斗场景。
第三班（宁次、李洛克、天天）的羁绊效果以高速连击为主，适合速攻战术。宁次的八卦掌与李洛克的体术爆发可快速压制敌人，天天的远程武器攻击则填补了控场空白。猪鹿蝶组合（鹿丸、井野、丁次）的羁绊强调控制与爆发，鹿丸的影缝术定身敌人后，丁次的肉弹战车与井野的心灵控制可形成连锁打击。需部分组合如晓组织的不死二人组（飞段、角都）虽非传统三人组，但在特定模式中可通过羁绊扩展为三人搭配，触发额外效果。
波风水门与鸣人的父子羁绊能提升闪避率与爆发伤害，而卡卡西、带土、琳的悲情组合则强化了写轮眼的协同能力。游戏后期解锁的新三忍组合（佐良娜、博人、巳月）继承了父辈的羁绊特性，佐良娜的雷遁与博人的螺旋丸可触发特殊合击技。玩家需根据角色星级与技能等级调整搭配，例如高星级纲手能大幅提升三忍组合的治疗效果，而低星级角色可能仅激活基础属性加成。
羁绊系统的深度还体现在特殊条件激活上。例如宇智波兄弟（鼬、佐助）需同时装备万花筒写轮眼技能卡，才能解锁月读·天照的联动效果。部分隐藏组合如五影集结需凑齐特定角色，但实际战斗中仅能上场三人，其余角色需置于助战位。玩家可通过副本掉落或活动奖励获取羁绊强化道具，优先升级核心组合的加成等级。
第七班对幻术抗性较低，面对宇智波鼬或幻术型队伍时需搭配解控忍者。三忍组合的查克拉消耗较高，建议装备查克拉恢复装备或搭配低耗技能角色。游戏定期更新的平衡性调整可能影响组合强度，建议关注版本公告。通过合理利用羁绊系统，玩家可最大化队伍潜力，应对高难度副本与竞技场挑战。
